SFBBM La mission de la SFBBM consiste à multiplier les initiatives et les actions pour développer la Biochimie et la Biologie Moléculaire en matière de recherche et d'enseignement, diffuser l'information.
A l'origine, la Biochimie et la Biologie Moléculaire se définissent comme les disciplines qui visent à étudier les réactions chimiques se produisant dans les organismes vivants. Aujourd'hui, de manière plus large, ces disciplines ont pour objectif de comprendre les bases moléculaires et structurales des fonctions biologiques par des approches pluridisciplinaires aux interfaces avec la chimie, la physique, les mathématiques et l'informatique. la Société Française de Biochimie et Biologie Moléculaire (SFBBM) rassemble celles et ceux qui contribuent au développement et au progrès des connaissances dans ces deux domaines scientifiques. Elle s'adresse à un large public comprenant les personnels académiques, les personnels des grands organismes de recherche et les personnels du monde industriel et de la recherche privée.
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La SFBBM rassemble celles et ceux qui contribuent au développement de la Biochimie et de la Biologie Moléculaire et se consacrent au progrès des connaissances dans ces domaines. La SFBBM, qui compte près de 1600 membres poursuit activement ses efforts pour développer la Biochimie et la Biologie Moléculaire en matière de recherche et d'enseignement, aussi bien dans le secteur public que dans le secteur privé. La SFBBM - Édite en langue anglaise un périodique scientifique international "BIOCHIMIE" avec des articles originaux et des revues - Publie Un journal d'information trimestriel "Regard sur la Biochimie sur des sujets d'actualité Un annuaire des membres avec les coordonnées des chercheurs biochimistes des laboratoires publics et privés : pour favoriser les contacts, trouver des partenaires, initier des collaborations - Organise ou Co-organise Annuellement plusieurs congrès à travers les réunions de ses Groupes Thématiques qui représentent les principales tendances de la Biochimie et de la Biologie Moléculaire, Des congrès européens et internationaux - Siège au nom de ses membres dans des instances nationales Comité National de Biochimie, Ministère de tutelle et internationales La Federation of European Biochemical Societies (FEBS) L'international Union of Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB)

Mission: La mission de la SFBBM consiste à multiplier les initiatives et les actions pour développer la Biochimie et la Biologie Moléculaire en matière de recherche et d'enseignement, diffuser l'information, amplifier le dialogue et expliquer davantage le caractère crucial des travaux réalisés, pour le présent et pour l'avenir. Dans ce but, la Société s'est dotée de moyens externes comme l'édition en langue anglaise de la revue "BIOCHIMIE" et du bulletin trimestriel de liaison "Regard sur la Biochimie", et de moyens internes comme l'organisation annuelle de plusieurs Congrès ou Colloques, à travers notamment les réunions de ses "Groupes Thématiques" qui représentent les principales tendances de la discipline. De plus, la SFBBM siège, au nom de ses membres, dans plusieurs instances nationales (Comité National de Biochimie, Ministère de tutelle) et internationales (Federation of European Biochemical Societies, International Union of Biochemistry and Molecular Biology). Etre membre aujourd'hui de la SFBBM, l'une des plus importantes dans le domaine des Sciences du Vivant, c'est aussi pouvoir librement organiser des échanges scientifiques et pédagogiques sans que ceux-ci s'inscrivent obligatoirement dans un axe stratégique prédéterminé ou dans une action incitative programmée.

Fonctionnement normal

Amna ASIF-LAIDIN,, Lauréate "Article du mois" - Septembre 2020
01/09/2020

Amna ASIF-LAIDIN,, Lauréate "Article du mois" - Septembre 2020

Amna ASIF-LAIDIN, Lauréat "Article du mois" Septembre 2020 de la SFBBMAmna Asif-Laidin, 34 ans, est actuellement en stag...
01/09/2020
A small targeting domain in Ty1 integrase is sufficient to direct retrotransposon integration upstream of tRNA genes - PubMed

Amna ASIF-LAIDIN, Lauréat "Article du mois" Septembre 2020 de la SFBBM

Amna Asif-Laidin, 34 ans, est actuellement en stage post-doctoral dans l’équipe « Genome Biology: From mobile DNA to chromosome dynamics » dirigée par Pascale Lesage et Emmanuelle Fabre à l’Institut de Recherche Saint-Louis (Inserm U944-CNRS/Univ de Paris UMR7212). Au cours de son doctorat réalisé sous la direction de Laure Teysset à l’Institut de Biologie Paris-Seine, elle a étudié la répression des éléments transposables, par de petits ARN non codants, dans la lignée germinale de la drosophile. Ses travaux de recherche se focalisent maintenant sur l’étude des bases moléculaires permettant la sélection des sites d’intégration du rétrotransposon Ty1 au sein du génome de la levure Saccharomyces cerevisiae. Une publication précédente avait décrit le rôle clé joué par l’interaction entre l’intégrase de Ty1 et la protéine AC40 de l’ARN polymérase III dans la préférence d’intégration de Ty1 en amont des gènes transcrits par l’ARN polymérase III (Pol III).
Les travaux publiés par Amna Asif-Laidin et ses collaborateurs identifient six acides aminés consécutifs de l’intégrase nécessaires à l’interaction avec AC40 et dévoilent que ce court domaine permet à l’intégrase d’être recrutée à l’ensemble des gènes transcrits par Pol I et Pol III car AC40 est commune aux deux polymérases. Cependant, l'intégration n’a lieu qu’au niveau des gènes transcrits par Pol III suggérant l’intervention de facteurs supplémentaires (chromatine ou cofacteurs spécifiques de la Pol III) dans la sélectivité d’intégration de Ty1. L’étude montre également qu’il est possible de conférer la spécificité d’intégration de Ty1 au rétrotransposon Ty5 en introduisant dans la séquence intégrase de Ty5 le domaine d’interaction avec AC40.

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32677087/

Integration of transposable elements into the genome is mutagenic. Mechanisms targeting integrations into relatively safe locations, hence minimizing deleterious consequences for cell fitness, have emerged during evolution. In budding yeast, integration of the Ty1 LTR retrotransposon upstream of RNA...

Post doc Offer : 2-year Postdoctoral fellowship at IBMCCNRS / University of Strasbourg, FranceTeam “Pathogenesis of Bact...
23/06/2020

Post doc Offer : 2-year Postdoctoral fellowship at IBMC
CNRS / University of Strasbourg, France
Team “Pathogenesis of Bacterial Infections and Immunity”
Headed by Dr. Benoit Marteyn

A two years post-doctoral position is available, under the supervision of Philippe Chouteau and Philippe Roingeard, in t...
17/06/2020

A two years post-doctoral position is available, under the supervision of Philippe Chouteau and Philippe Roingeard, in the Philippe Roingeard' Lab " Morphogenèse et Antigénicité du VIH et des Virus des Hépatites" (Inserm U1259), located in the University of Medicine, Tours, France. The position may start in September 2020.

Florent WALTZ, Lauréat "Article du mois" Juin 2020 de la SFBBM
08/06/2020

Florent WALTZ, Lauréat "Article du mois" Juin 2020 de la SFBBM

Florent WALTZ, Lauréat "Article du mois" Juin 2020 de la SFBBMFlorent WALTZ, 27 ans, est post-doctorant dans l'équipe de...
08/06/2020
Cryo-EM Structure of the RNA-rich Plant Mitochondrial Ribosome - PubMed

Florent WALTZ, Lauréat "Article du mois" Juin 2020 de la SFBBM

Florent WALTZ, 27 ans, est post-doctorant dans l'équipe de Yaser HASHEM « mRNA translation in eukaryotes and parasitic protozoa » à l’Institut de Européen de Chimie et Biologie (IECB), 33600 Pessac, France. Au cours de sa thèse de doctorat réalisé à l'Université de Strasbourg dans l’équipe de Philippe GIEGE, il s'est principalement intéressé à l'expression génétique dans les mitochondries. Il a notamment étudié les ribosomes mitochondriaux, ces derniers étant particulièrement divergeant des ribosomes cytosoliques eucaryotes et des ribosomes procaryotes. Après l’étude biochimique du mitoribosome de plante réalisé en thèse, révélant la présence de nombreux composants protéiques jusqu'alors inconnus, il poursuit ses travaux en post-doctorat en se focalisant sur l'étude structurale à haute résolution de ces mêmes complexes dans l’équipe de Yaser HASHEM. Cette étude a abouti à la publication de l’article intitulé « Cryo-EM structure of the RNA-rich plant mitochondrial ribosome» dans le journal Nature Plants le 6 Avril 2019, qui a notamment mis en avant les fonctions précises et le mode d’action inédit des nombreuses protéines PPR associées à ce mitoribosome. Ces dernières ayant pour rôle principal la stabilisation des longues extensions des ARN ribosomaux, mais aussi un rôle probable dans l’initiation de la traduction.

The vast majority of eukaryotic cells contain mitochondria, essential powerhouses and metabolic hubs1. These organelles have a bacterial origin and were acquired during an early endosymbiosis event2. Mitochondria possess specialized gene expression systems composed of various m...

Offre de post doc Hybrigenics
12/05/2020

Offre de post doc Hybrigenics

Offre de thèseEvaluation des mécanismes moléculaires de la toxicité de nanoparticules (quantum dots) sur les algues : un...
05/05/2020
Bienvenue sur Laboratoire interdisciplinaire des environnements continentaux | Laboratoire interdisciplinaire des environnements continentaux

Offre de thèse
Evaluation des mécanismes moléculaires de la toxicité de nanoparticules (quantum dots) sur les algues : une approche par AFM et micro-spectroscopie confocale

Lieu : Laboratoire Interdisciplinaire des Environnements Continentaux (LIEC), UMR 7360, Vandoeuvre-lès-Nancy
https://liec.univ-lorraine.fr/

Date de commencement : 1er septembre 2020
Encadrement :
Dr. Jérôme F.L. Duval (DR CNRS; https://duvaljfl.webnode.fr/)
Dr. Audrey Beaussart (CR CNRS; https://abeaussart.webnode.fr/)
Dr. Isabelle Bihannic (IR CNRS ; http://bddc.liec.univ-lorraine.fr/cv/BIHANNIC%20I.htm)

Résumé du projet doctoral
L’utilisation de nanoparticules (NPs) telles que les boites quantiques (Quantum dots, QD) dans de nombreuses applications industrielles peut conduire à leur dissémination dans les cours d’eau, et par conséquent, à leur entrée dans la chaine alimentaire. A la base des réseaux trophiques se trouve le phytoplancton qui inclue les micro-algues dont la sensibilité à de nombreux contaminants a été largement démontrée [1]. En réponse au stress nanoparticulaire, les algues emploient un arsenal de stratégies de défense, tels que l’activation de système anti-oxydatif pour éliminer des espèces réactives de l’oxygène (ROS), l’excrétion de biomolécules formant une couche protectrice à leur surface, ou encore la mise en place de processus intracellulaires pour réguler la teneur en nanoparticules [2]. Malgré l’avancée des connaissances, la compréhension fine des mécanismes d’interaction micro-algues/NPs et des réponses biologiques associées bénéficierait de l’utilisation d’outils adaptés permettant d’apporter un éclairage inédit sur les déterminants physicochimiques et biologiques de toxicité aux échelles moléculaires et cellulaires et sur l’homéostasie des micro-algues exposées.
L’objectif de cette thèse sera d’élucider les mécanismes de toxicité de nanoparticules QDs, de composition and taille contrôlées, sur des micro-algues en adoptant une approche moléculaire et cellulaire basées sur l’utilisation inédite de microscopies photonique et à force atomique. Plus précisément, il s’agira d‘identifier l’influence des QDs sur la structure pariétale, le métabolisme et la photosynthèse des algues, tout en analysant la répartition des QDs dans le compartiment intracellulaire et dans la zone interfaciale entre micro-algue et solution. Ainsi une attention particulière sera apportée à la relation entre physicochimie des QDs, leur bio-partition dans le temps, et différents proxys de toxicité, qu’ils soient structuraux, physiologiques ou liés au rendement de photosynthèse. Pour ce faire, la microscopie à force atomique (AFM) et la microscopie confocale seront utilisées, ce qui permettra d’accéder in fine aux différents processus qui contrôlent la toxicité des QDs en sondant les effets au niveau de la surface des micro-algues, mais également en explorant les répercussions sur certains compartiments intracellulaires clefs. Cette thèse, à la frontière entre physico-chimie et microbiologie, fait suite aux résultats récents de l’équipe permettant
d’appréhender les interactions entre NPs et microorganismes par le biais de méthodes originales allant de l’échelle de la solution [3] à l’échelle de la NP unique [4,5]. Le projet reposera sur l’utilisation des dernières avancées méthodologiques en AFM (mode imagerie multiparamétrique, spectroscopie de force avec pointes fonctionnalisées), et comportera un volet sur l’optimisation de la micro-spectroscopie confocale appliquée aux micro-algues via la plateforme photonique, unique en France, récemment mise en place au laboratoire.
Compétences requises et candidature
Il est attendu que le (la) candidate possède des compétences solides en microscopie photonique et/ou en microscopie à force atomique. Les candidatures des personnes ayant un background solide en instrumentation seront prises en compte. Des connaissances en microbiologie ne sont pas indispensables pour le démarrage du projet, et des connaissances en physicochimie des surfaces et/ou des biosurfaces seraient un avantage.

Pour candidater, merci d’envoyer un mail à [email protected]; [email protected] et [email protected] contenant :
‐ Un curriculum vitae,
‐ Une lettre de recommandation,
‐ Une copie des résultats obtenus en Master et/ou Ecole d’Ingénieurs,
‐ Une copie du dernier rapport de stage effectué.

Le LIEC est une unité mixte de recherche (UMR 7360) créée en janvier 2013 par fusion de l'UMR 7146 LIEBE, de l'UMR 7137 LIMOS et de l'UMR 7569 LEM.

Offre de thèseAppel d'offre - Thèse DGAINSERM U1230Persistance des infections à Staphylococcus aureus : perspectives thé...
05/05/2020
srd.genouest.org

Offre de thèse
Appel d'offre - Thèse DGA

INSERM U1230

Persistance des infections à Staphylococcus aureus : perspectives thérapeutiques liées à la caractérisation d’un système toxine-antitoxine.
Staphylococcus aureus est une bactérie commensale de l’Homme mais également un redoutable pathogène responsable d’infections chroniques comme les ostéomyélites, les infections sur matériels implantés et pulmonaires chez les patients immunodéprimés. Le dernier rapport de l’OMS a classé les infections à S. aureus résistantes aux antibiotiques comme priorité urgente pour le développement de nouvelles stratégies thérapeutiques. Le succès des infections à S. aureus est conditionné par sa capacité d’adaptation à un nouvel environnement via la régulation de l’expression de nombreux gènes. Cette régulation peut se faire par le biais d’ARN régulateurs (ARNreg). S. aureus exprime une centaine d’ARNreg que nous avons compilé dans la base de données SRD (http://srd.genouest.org/). Parmi ces ARNreg, nous avons démontré que certains constituent des systèmes toxine-antitoxine de type I (Sayed et al, 2012 ; Pinel-Marie et al, 2014 ; Riffaud et al, 2019 ; Germain-Amiot et al, 2019). Ces systèmes sont constitués d’un peptide toxique, dont la surexpression ectopique tue la cellule ou confère une stase bactérienne, et d’une antitoxine de type ARN qui réprime l’expression de la toxine. Les fonctions biologiques attribuées à ces systèmes sont le maintien d’éléments génétiques mobiles, l’adaptation aux stress environnementaux et la formation de bactéries persistantes aux antibiotiques.
Le projet de thèse portera sur la caractérisation fonctionnelle du système toxine-antitoxine SprG1/SprF1. Nous avons montré que l’ARN SprG1 produit deux peptides membranaires dont l'expression est inhibée par l’antitoxine SprF1. La surexpression de ces deux peptides induit la mort de S. aureus. De plus, ces deux peptides sont excrétés et capables de lyser les bactéries compétitrices et les érythrocytes humains. Récemment, nous avons démontré que l’antitoxine SprF1 interagit avec les ribosomes pour moduler la synthèse protéique ainsi que la formation de bactéries persistantes aux antibiotiques chez S. aureus (Pinel-Marie et al, en révision dans Nature Microbiology). Ces bactéries persistantes, impliquées dans la chronicité des infections bactériennes, sont associées à la survie dans les cellules de l’hôte ou bien sont retrouvées à l’intérieur d’un biofilm. Dans ce contexte, l’objectif de ce projet de thèse est (i) d’évaluer, à l’échelle cellulaire, l’implication du système SprG1/SprF1 dans la formation de biofilms par S. aureus et la persistance de S. aureus au sein des cellules de l’hôte et (ii), à l’échelle moléculaire, d’identifier l’ensemble des partenaires moléculaires des ARN SprG1 et SprF1 pour décrypter les mécanismes de régulations mis en jeu.
Ce projet de thèse se décompose en 2 parties :
1- Etude de l’implication du système toxine-antitoxine SprG1/SprF1 dans la formation de biofilms par S. aureus, l’internalisation et la persistance de S. aureus au sein des cellules de l’hôte. Nous étudierons l’effet de la délétion et de la surexpression de ces deux ARN sur la formation de biofilms par S. aureus et sur sa capacité à persister dans les cellules de l’hôte par des techniques in vitro et in vivo sur modèles murins. Afin de favoriser la formation de bactéries persistantes, nous réaliserons ces expériences en présence ou non d’antibiotiques.
2- Identification des cibles moléculaires directes des ARN SprG1 et SprF1. Nous souhaitons identifier les cibles ARN SprG1 et SprF1 par la technologie MAPS. Une alternative à cette approche de séquençage à haut débit des ARN nous permettra d’identifier les cibles protéiques par spectrométrie de masse. Nous sélectionnerons les cibles présentant un niveau d’enrichissement important et décrypterons les mécanismes moléculaires de régulations sous-jacents par les techniques maitrisées au sein du laboratoire (systèmes rapporteurs à double plasmides, gels retards, western blots, RT-qPCR, détermination de structures secondaires d’ARN par des sondes structurales en solution, toeprints).
L’analyse combinée des données issues des deux parties de la thèse permettra de mieux comprendre le rôle du système SprG1/SprF1 dans la persistance des infections à S. aureus afin de proposer, à terme, de nouvelles cibles thérapeutiques pour le traitement anti-staphylococcique, notamment dans le cas des infections chroniques.

[email protected]

An overflow of regulatory RNAs (sRNAs) was identified in a wide range of bacteria. We designed and implemented a new resource for the hundreds sRNAs identified in Staphylococci, with primary focus on the human pathogen Staphylococcus aureus. The ‘Staphylococcal Regulatory RNA Database’ compiled ...

Offre de thèseCaractérisation d’un ARN non-codant atypique et ses mécanismes d’action chez le pathogène humain Staphyloc...
05/05/2020
Bacterial Regulatory RNAs & Medicine | Université de Rennes 1

Offre de thèse
Caractérisation d’un ARN non-codant atypique et ses mécanismes d’action chez le pathogène humain Staphylococcus aureus

INSERM U1230 BRM

Contexte socioéconomique et scientifique :
L'émergence de pathogènes bactériens multi-résistants aux antibiotiques est un problème majeur de santé publique. En Europe, 33000 personnes décèdent annuellement des suites d'une bactérie résistante aux antibiotiques, dont 7000 dues à Staphylococcus aureus. S. aureus est un commensal de l’Homme et également un agent pathogène redoutable. Pendant la transition entre colonisation et infection, la bactérie induit ou réprime l’expression de nombreux gènes via des facteurs de transcription et des ARN régulateurs. Ces derniers sont impliqués dans divers processus dont la virulence et la résistance aux antibiotiques. Alors qu’ils étaient considérés comme exprimés à partir des régions intergéniques ou en antisens de leurs cibles, plusieurs exemples montrent que certains échappent à cette règle (Wang et al, 2019). Nos travaux sur S. aureus ont permis l’établissement d’une base de données sur les ARN régulateurs (Sassi et al, 2015 ; srd.genouest.org) puis l’identification de nouveaux ARN (Bronsard et al, 2017). L’un d’eux, Srn_9342, présente un profil atypique. Il s’agit du premier exemple d’ARN exprimé, chez S. aureus, sous deux formes distinctes à partir de la région 3’ d’un messager.

Hypothèses et questions posées :
Le projet de thèse s’articulera principalement autour de la caractérisation de Srn_9342 et la détermination de ses fonctions dans la bactérie. L’identification des cibles ARN de Srn_9342 par affinité couplée au séquençage haut-débit (MAPS) a révélé comme partenaires de Srn_9342 de nombreux ARN régulateurs et des messagers codant des acteurs de la virulence, de l’adaptation au stress et la résistance antibactérienne. Nous émettons l’hypothèse d’un rôle d’éponge à ARN régulateurs comme décrit chez Salmonella (Miyakoshi et al, 2015).

Grandes étapes de la thèse :

Dans ce projet, il s’agira de : (i) caractériser l’expression des deux formes de Srn_9342, (ii) identifier les mécanismes de régulation et, (iii) explorer l’impact de la délétion et surexpression de Srn_9342 sur la physiologie bactérienne. Dans la première partie du projet, nous développerons un système simple-hybride chez S. aureus pour identifier le(s) facteur(s) de transcription régulant l’expression de Srn_9342. Nous rechercherons également l’acteur protéique ou ribonucléique responsable au cours de la phase de croissance de la transition entre l’expression de la forme courte à longue de Srn_9342. Dans ce cadre, l’expression de Srn_9342 sera étudiée dans des souches délétées pour les endoribonucléases connues et les partenaires protéiques de Srn_9342 identifiés par purification d’affinité. Ensuite, nous utiliserons différentes techniques biochimiques pour caractériser les mécanismes de régulation de Srn_9342 sur ses cibles (retards sur gel, toeprints et systèmes double-plasmide). Finalement, nous évaluerons le rôle fonctionnel de Srn_9342 par l’utilisation de souches de délétion ou surexpression. Nous insisterons particulièrement sur des conditions pouvant être reliées aux cibles identifiées de Srn_9342, c’est-à-dire la réponse au stress oxydant (en culture et au cours de la phagocytose), la carence nutritionnelle, la résistance aux antibiotiques et la virulence (sur modèle murin). A l’instar des quelques exemples relatés chez les bactéries à Gram négatif, ce projet pourrait conduire à l’émergence d’une nouvelle classe d’ARN régulateurs multifonctionnels chez S. aureus : éponge à ARN régulateurs et régulateur de l’expression des gènes. La caractérisation de Srn_9342 pourrait apporter de nouvelles connaissances dans la fonction des ARN régulateurs et participer à l’émergence de nouvelles stratégies thérapeutiques ciblant les ARN régulateurs dans un contexte de régulation global.

Compétences scientifiques et techniques requises par le candidat :

L’étudiant(e) devra avoir des solides connaissances en biologie moléculaire (clonage, expression des gènes par Northern blot et RT-qPCR), en biochimie (retard sur gel etc.) et porter un intérêt pour la microbiologie des pathogènes. L’étudiant(e) devra avoir un goût prononcé pour la curiosité et faire preuve de rigueur scientifique.

Sujet déposé et validé dans le cadre du concours de l’école doctorale Biologie-Santé.
Date limite des candidatures : 6 juin 2020

[email protected]
https://biochpharma.univ-rennes1.fr

(Felden Lab)

Adresse

Centre Universitaire 45, Rue Des Saints-Pères
Paris
75006

Téléphone

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